Hola, en el log (inmenso) que has enviado no veo nada extraño. En cualquier caso, la función de escaneo no es de Alfa, sino de Kodi.
No hace falta tener el debug activado, aunque tampoco pasa nada si se tiene. Cuando reinicias Kodi se mantiene.
Yo sospecho que el problema está en que la Base de Datos de la Videoteca de Kodi (no la de Alfa!!!) se ha corrompido. Es algo desgraciadamente habitual. Cuando a mi me ocurre borro esa BD y fuerzo a Kodi que la regenere. El problema es que PIERDES todo el Catálogo de series y películas que tiene Kodi, así como las marcas de visto/no visto. Luego para catalogar todo de nuevo hay que volver a "Establecer el Contenido" de todas las carpetas que quieres que Kodi escanee para añadirlas a su Videoteca. Con la cantidad de series que tienes el proceso puede llevar horas.
Una vez terminado el proceso, yo crearía un cuenta en Trakt.tv para que me guarde la información de los vistos/no vistos. Después de marcar los vistos/no vistos en Kodi, haría una copia de seguridad de la BD, por si se vuelve a corromper ahorrar horas de trabajado. Se restauraría la copia de BD y solo tendrías que catalogar lo último que hubieras añadido.
La BD de catálogo de vídeos de Kodi está en: /storage/emulated/0/Android/data/org.xbmc.kodi/files/.kodi/userdata/Database/MyVideos116.db. Sálvala antes de empezar el proceso por si te pierdes, siempre puedes volver a poner esa.