Estamos relanzando los clientes internos de Torrent para no obligar a instalar clientes externos como Quasar, Elementum o Torrenter. Cuando se instala una nueva versión de Alfa instala uno o dos módulos (libtorrent) necesarios para que funcione. Por la arquitectura de Android, hay que copiar dos archivos dentro de la partición del sistema (libtorrent.so y liblibtorrent.so), porque Android desde la versión 5 no permite ejecutar archivos desde la tarjeta Sdcard.
Esta copia se ha probado en un número de sistemas, pero es imposible probarlo en todos simplemente porque no los tenemos. La idea es que no preguntara nada y fuera transparente. Lo que decís me sorprende. El objetivo es que si el sistema tiene permisos root, típico de tv-boxes, haría esa copia silenciosa, y si no tiene permiso (móviles y tablets) daría un error controlado y no haría la copia (y de momento no funcionaría, estamos en ello).
Para tratar de evitar esos mensajes a futuro, necesito que reproduzcáis el problema y enviéis un log. También sería necesario un pantallazo/foto del mensaje que os sale pidiendo el permiso del root. Supongo que ahora os sale sólo cuando se actualiza Alfa. Si es así, para reproducirlo debéis borrar antes el archivo "custom_code.json" del path "/storage/emulated/0/Android/data/org.xbmc.kodi/files/.kodi/addons/plugin.video.alfa", reiniciar Kodi y enviar el log.
En cuanto a darle permiso, yo díría que no. Primero es mejor entender por qué lo pide.